与营改增相关或擦边相关的内控要素有：内部环境、风险评估、控制活动、信息与沟通、内部监督。虽然未必都进行营改增专项内部审计，却可以在写内控自评估报告时，重点提及营改增这段内容。
一、获取足够信息，判断营改增是否影响到自己公司
　　公司应有税务管理岗，设立在财务部也好，单有税务部也好，或者外聘的税务律师也好，反正就是必须经常勤快收集从税总到主管税所的各种规定，第一时间判断对自己的影响。好，如果公司不在营改增试点范围内，则暂且高枕，只有做来年或者更远的时间规划时才需要匡算个数据。
如果在营改增试点范围内，那么就要列出自家所有销售业务，核对规定，看是否属于要改增的那些。这个工作是细致的，且不是拉清单的粗活，有些业务需要细致分析，且需要找税局沟通。业务核对完了，如果真的没有需要改增的，那么控制措施到此结束。如果有需要改增的，那么进行下一步。
二、根据公司情况，确定申请何种纳税人，确定应采用何种计税方法
　　如果公司此前并无增值税业务，则需要考虑申请一般纳税人还是小规模纳税人，这需要测算税负并考虑公司核算力量，原则是：在自己能力之内争取最有利的。必须仔细研究政策，而不是只期望咨询税局。要知道，国税的压力也很大，他们狂加班办手续时，公司对自己的情况描述不清，是有可能搞错的。
三、梳理销售业务，确定营改增范围
　　这块工作，是公司的税务岗和业务人员协作的，需要将公司所有销售业务按照税务口径从新梳理，核对规定，若全部需要改增还好，有些公司的老营业税业务，是部分需要改增，部分不改，这样，必须区分清楚。梳理的结果，是形成表格或者说销售业务税种清单，列明业务名字、税种、税率、何种情况下可以减免税，这个清单大有用处，简称清单一。
四、梳理采购业务，确定可抵扣范围
　　这块也是要税务岗和业务人员协作。首先要列出各种成本费用明细，核对规定或者咨询税局，看哪些可以抵扣，一一记下，做成成本费用、购置资产、工程建设抵扣情况清单。需要注意的是，已有采购业务要梳理，以前未发生、即将发生的采购业务也要梳理，成熟稳定的公司还好，新建企业这块不大好做，只能随着采购业务类型的增加，实时判断，经常更新清单了。
五、将自家的营改增情况通知客户，并说明已签定未执行完毕的销售合同条款的履行情况
　　销售合同内往往有发票条款，营改增时点前后，跨时点执行的合同，可能提供不同类型的发票，这个需要明文和客户说清楚，这里应有律师出面拟统一的函，措辞温和，言简意赅，说理清晰，叙述清楚为何原来提供服务发票的合同改给增值税票了，感谢客户的支持等等。
这不是虚文礼仪，这是重要的，因为，如果客户也在营改增范围内，他们拿到新的增值税专用发票是可以抵扣的，那么，他们的工程啊资产啊费用啊成本啊什么的可能都有不同，如果是长期大客户，这会影响下一单合同的价格谈判的。并且，如果他们也营改增了，但正好他们这块免征增值税，那么本公司是不能给他们开增值税专用发票的，这个很重要。
六、将自家的营改增情况通知供应商，并约定已签订未执行完毕的采购合同如何履行
　　同第四，采购合同里会有发票条款，若不主动找供应商，能主动来联系公司的供应商可能真不多，跨时点合同的发票怎么开，供应商也未必能细致办理。所以为了本公司的合规纳税，是必须主动联系有合同关系的供应商的。这也需要公司律师写温和而坚决的函发出去。
七、修改销售业务内控流程，体现增值税特色
　　在做第四的时候，一定了解客户是否也营改增了，拿到本公司的专票能不能抵扣，等等，这些在未来的合同谈判中，是要在报价中考虑的，对于薄利合同，没准这个税点就是全部毛利了，不得不重视。还有，如果本公司的这块销售正好免税，那么开不出增值税专票给客户，在报价中就更得考虑了。同等合同额下，是否缴增值税，销售收入那是不同的。销售收入这个数字有多重要，在此不叙述，只提醒对其管控时必须考虑增值税因素了。
八、修改采购业务内控流程，重点体现增值税管理特色
　　营改增会影响采购计划，因为有了可抵扣进项，采购金额都会改变，同样，批准权限的级别也要改变，本来批的是买价，现在可能批的是含税或者不含税价，必须在公司内部流程中描述清楚，否则会引起不必要的歧义。采购定价，又是博弈时。有的供应商只提供服务，这里要关注能不能给可抵扣专票的问题;有的供应商是货物劳务一起提供，且经常是一起谈判价格的，这就要唇枪舌剑，剖析货物多少钱，劳务多少钱，各给什么票，等等。如果不能提供可抵扣专票，则，要求降价。
采购合同的签约，只要是履行期间在对方的营改增时点之后，或者跨对方的营改增时点，那就要详细约定获取什么样子的发票，确保符合税局要求，也为本公司的税务安排提供支持数据。当然，不改增值税的服务除外。
九、营改增时点上，在途发票和已提供劳务但未开发票的处理
　　首先还是税务岗和业务人员，梳理掌握在途发票有多少，分别是什么合同下的哪批服务，为什么在途，如果是本公司开早了，那要准备退回换开新的，如果是对方懒怠收取，则需要做游说工作，说明过了这个时点再给的发票就不一样了，以各种理由请对方早日签收，等等。当然游说客户的事情不好做，但考核之下必有勇夫，如能把退票率也纳入本公司销售人员的考核指标，效果肯定不同。
由于劳务不可能天天结算，有的是做完了才结算，有的是非到年末不结算，有的是跨期很长，年末也不一定给结算一次，有的是做完之后很久才给结算，所以，营改增时点上已经做了一些劳务但尚未开出发票的肯定存在，作为卖方，公司最好在时点之前“一刀切”，争取结算一次，开出发票给客户，或者和客户商议好，虽不一定要结算，但开出的发票以营改增时点划分，前面的服务票后面的增值税票。
十、营改增时点后，退回原营业税发票的处理
　　如果营改增时点之前开出的服务票在时点之后被退回并要求重开，那么，非常可能，只有开增值税发票给客户了，效果，你懂的。这一点，各地政策可能不同的，对策是，极早和税务沟通，极早和客户沟通，竭力避免这种情况，额，最好也和销售人员的考核挂钩。可怜的销售人员!
十一、营改增时点后，冲减原服务销售额的处理
　　很多业务可以审减，营改增政策也规定客户中止、退款的业务可以申请退回原缴纳的营业税，但是，现实和政策是有差距的，这种退税，基本大概几乎毫无可能，因此，对策是，游说客户不要审减不要退款，或者营改增时点前，尽量少结算收入，避免时点后审减或者退款。
十二、营改增时点上，与供应商未结算劳务的处理
　　这里的风险是，供应商可能也营改增了，他们将来提供的会是增值税发票，但是本公司呢，营改增前接受了劳务，营改增后取得了发票，如果拿这个发票去抵扣，则很有偷税漏税的嫌疑，因为没有谁能证明本公司不是故意晚要发票的，尤其对税局做出大量的如此说明也是很难。
如何对策?可以要求业务人员与供应商确认营改增时点的劳务量，估计金额，在时点做挂账处理，今后收到这些挂账劳务对应的发票，一律不得抵扣。可以在营改增时点日编制不得抵扣清单，列示供应商名字、合同名字、不得抵扣金额，简称清单三，这个清单要同时发给财务部和业务部门。或者，不挂账也行，但这个清单要有。
十三、由于以上影响，对公司年度预算目标完成的情况的预测和处理
　　营改增后，公司的收入成本都不同了，下半年，预算完成与否，每月都要精打细算，拟IPO企业和上市公司更是关注这些，公司应组织测算数据，交预算管理部门，适当调整预算目标或者考核指标。
十四、开出、收取增值税发票的处理
　　营改增后，开出、收取发票都与服务票不同，尤其是大量开、收票据的公司。公司应预先培训人员，必要时开发软件，充分估计工作量，否则，开不出票是违规的，收票来不及认证是吃亏的。
十五、对一般会计流程的梳理和调整
　　无论原来是否一般纳税人，会计科目都要增加，应交税费的明细、营业收入的明细都得改变，以符合税款计缴和满足公司管理的要求。有的公司，会计相关的IT系统非常复杂，改变任何科目都需要论证，自然要早走内控规定的流程，务必在营改增时点之前完成设置。而系统简单的公司，论证和审批流程也必须应有尽有，这是重要内控文档，得留着备检查的。
增值税核算的会计核算是和营业税不同的，需要重新设计计算表单，以及记账分录。系统复杂的公司，可能对模块功能都要有所调整，这些改变，都需要有文档留存备查。前述清单一、二、三，财务和业务人员均应发放，以协助工作。
十六、重新进行税务筹划
　　有的公司，筹划很大，复杂业务情况下为节税专门开设专业公司的都有，增值税情景下这些都可能改变，不排除影响公司的架构，这架构如有改动，则所得税会被一并影响，因此，早做纳税筹划那是必须的。
十七、了解并积极申请税收优惠
　　根据已有政策，积极享受应有优惠，首先要了解公司可以享受哪些优惠，申请流程是什么，需要提供哪些资料。业务如流水，不舍昼夜，早申请早受益，忘记申请那是不对的。